लेप्रोस्कोपिक सर्जरी पारंपरिक ओपन सर्जरी जितनी ही सुरक्षित है। लेप्रोस्कोपिक ऑपरेशन की शुरुआत में लेप्रोस्कोप को नाभि के पास एक छोटे से चीरे के माध्यम से डाला जाता है। सर्जन शुरू में पेट का निरीक्षण करता है ताकि यह निर्धारित किया जा सके कि लेप्रोस्कोपिक सर्जरी सुरक्षित रूप से की जा सकती है या नहीं। यदि सूजन बहुत अधिक है या सर्जन को अन्य कारकों का सामना करना पड़ता है जो संरचनाओं को स्पष्ट रूप से देखने से रोकते हैं, तो सर्जन को ऑपरेशन को सुरक्षित रूप से पूरा करने के लिए एक बड़ा चीरा लगाने की आवश्यकता हो सकती है।

किसी भी आंत की सर्जरी में कुछ जोखिम जुड़े होते हैं जैसे एनेस्थीसिया और रक्तस्राव से जुड़ी जटिलताएं या संक्रामक जटिलताएं। किसी भी ऑपरेशन का जोखिम आंशिक रूप से उस विशिष्ट ऑपरेशन की प्रकृति से निर्धारित होता है। किसी व्यक्ति का सामान्य स्वास्थ्य और अन्य चिकित्सा स्थितियां भी ऐसे कारक हैं जो किसी भी ऑपरेशन के जोखिम को प्रभावित करते हैं। आपको अपने सर्जन से किसी भी ऑपरेशन के लिए अपने व्यक्तिगत जोखिम के बारे में चर्चा करनी चाहिए।

लैप्रोस्कोपिक सर्जरी, हालांकि न्यूनतम आक्रामक है, लेकिन इसकी अपनी सीमाएं और संभावित जटिलताएं हैं जिनके बारे में मरीजों और सर्जनों को पता होना चाहिए।

• तकनीकी विशेषज्ञता: लैप्रोस्कोपिक सर्जरी के लिए विशेष प्रशिक्षण और विशेषज्ञता की आवश्यकता होती है क्योंकि इसमें सीमित स्थान के भीतर उपकरणों को चलाने और जटिल कार्य करने की आवश्यकता होती है।
• सर्जिकल एक्सेस: कुछ शारीरिक संरचनाओं या जटिल शल्यक्रिया कार्यों तक पहुंच पाना कठिन हो सकता है, जिसके लिए संभवतः खुली सर्जरी की आवश्यकता हो सकती है।
•  सभी मामलों के लिए उपयुक्त नहीं: लेप्रोस्कोपी सभी शल्यचिकित्साओं के लिए उपयुक्त नहीं हो सकती है, विशेष रूप से उन शल्यचिकित्साओं के लिए जिनमें बड़े ऊतक को निकालना हो या जटिल प्रक्रियाएं हों जिनमें 3-आयामी दृष्टि क्षेत्र की आवश्यकता हो। 
• लागत: लैप्रोस्कोपिक प्रक्रियाएं विशेष उपकरणों और यंत्रों की आवश्यकता के कारण अधिक महंगी हो सकती हैं। 
• गर्भावस्था: गर्भावस्था के दौरान, विशेष रूप से पहली और तीसरी तिमाही में, लेप्रोस्कोपिक सर्जरी से आमतौर पर बचा जाता है, क्योंकि इससे मां और भ्रूण को संभावित खतरा हो सकता है। 
• रिकवरी: हालांकि खुली सर्जरी की तुलना में रिकवरी अक्सर जल्दी होती है, लेकिन मरीजों को गतिविधि प्रतिबंधों और घाव की देखभाल के संबंध में ऑपरेशन के बाद के निर्देशों का सावधानीपूर्वक पालन करना चाहिए। 
• मोटापे से जुड़े विशिष्ट जोखिम: सह-रुग्णताओं के बढ़ते जोखिम और विशेष तकनीकों की आवश्यकता के कारण मोटापा लेप्रोस्कोपिक सर्जरी में अद्वितीय चुनौतियां पेश कर सकता है।